법인이 부동산을 양도하고 사업연도 종료일에 금융기관 부채를 상환한 경우 상환 당일을 舊 조감법시행령 제37조의3제15항제2호 후단의 첫 사후관리기간으로 보아 당해 사업연도의 부채비율 중 기준부채비율을 초과하는 부채비율에 해당하는 특별부가세 면제세액을 추징한 처분은 부당하다는 판결이 내려졌다.

국세심판원은 최근 A某법인이 ○○○세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 A법인은 서울시 강남구에서 신문용지 및 인쇄용지 등을 제조하는 법인으로, 舊 조세감면규제법 제40조의3제1항에 의해 지난 '98년말 전북 전주시 소재 사업용 부동산을 양도했다.

또 같은날 양도대금으로 청구법인의 재무구조 개선을 위해 채권금융기관의 부채를 상환한 후 지난 '99.3월 부동산의 양도차익에 대해 지난 '98사업연도 법인세 면제신청을 했다. 그러나 ○○○지방국세청장은 A법인의 특별부가세 면제세액에 대해 사후관리를 해 첫 사후관리기간에 해당하는 부채상환일이 속하는 '98사업연도의 부채비율에 기준부채 산정기준일(지난 '97년) 현재 부채비율을 초과하는 것을 확인했다.

이에 따라 처분청은 면제받은 특별부가세액 중 기준부채비율을 초과하는 부채비율에 상당한 세액에 대한 수정신고를 하도록 통보하고, 이를 부과 고지하자 심판을 청구했다.

심판원은 '부동산의 양도 및 부채의 상환에 대한 첫 사후관리기간은 지난 99년이라고 봐야 함에도 불구하고 부채를 상환한 날인 지난 98년말을 특별부가세 면제에 대한 첫 사후관리기간으로 보아 면제세액 중 기준부채비율을 초과하는 98사업연도 부채비율 해당분을 추징한 처분은 부당하다'고 결정했다.