공사를 시공한 것이 명백히 확인됨에도 불구하고 임대건물 건축회사가 자료상 혐의자라는 이유로 사실과 다른 세금계산서로 보고 건축비 매입세액을 불공제한 부가가치세 과세 처분은 부당하다는 판결이 내려졌다.

국세심판원은 지난 15일 A某씨가 ○○○세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 A씨는 지난 '96.2월 건축허가를 받아 같은해 9월 준공한 ○○○시 소재 상가건물에서 같은해 4월부터 현재까지 부동산임대업을 영위하고 있는 사업자로 지난 '96.2기 과세기간중 ○○○시 소재 ○○○(주)로부터 건물 신축공사에 대한 매입세금계산서를 교부받아 당해 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다.

그러나 지난해 12월 ○○○(주)의 관할 세무서장인 ○○○세무서장이 자료상 혐의자 조사를 실시해 ○○○(주)를 자료상혐의자로 확정한 후 청구인에게 교부한 세금계산서를 자료상 혐의자와의 거래라며 과세자료로 활용토록 처분청에 통보했다.

이를 근거로 처분청이 세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서라며 당해 매입세액을 불공제해 경정 고지하자 청구인은 심판을 청구했다.

심판원은 결정문을 통해 '○○○세무서장의 ○○○(주)에 대한 자료상혐의자 조사종결복명서에 매출액 중 자료상혐의자와의 거래가 매출비율이 4.32%에 불과하고, ○○○세무서장이 세금계산서상의 거래사실에 대해 조사나 확인없이 과세자료를 통보한 점과 처분청도 세금계산서상의 거래사실에 대해 조사나 확인없이 단순히 통보된 과세자료만을 근거로 사실과 다른 세금계산서라고 본 처분은 문제가 있다'고 지적했다.

심판원은 이에 따라 '처분청이 세금계산서를 자료상과의 거래라며 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다'고 결정했다.