감사원, 행사차액만큼 순자산 감소

자기주식교부형 주식매수선택권(스톡옵션)을 행사할 때 발생하는 시가와 행사가액의 차액은 법인의 ‘손금’에 해당하며, 법인세 법정신고기한 5년 이내라면 재경정청구가 가능하다는 감사원 결정이 나왔다.

감사원이 26일 공개한 2025년 주요 결정례(2022-심사-180)에 따르면, 서울 강남 소재 A법인은 2020년 1월 임직원 9명이 2017년과 2019년 행사한 주식매수선택권의 행사차액 16억1천200만원을 손금인정하고, 정규직 근로자 전환 세액공제를 적용해 과다납부한 법인세 4억3천360만원을 돌려달라고 경정청구했다.

처분청은 이 가운데 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액 1억2천650만원은 손금으로 인정해 경정했다. 그러나 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액 14억8천550만원은 행사차액을 금전 또는 주식으로 지급하지 않아 손금에 해당하지 않는다며 경정을 거부했다. A법인은 2020년 6월 서울지방국세청에 이의신청했다가 같은 해 7월 기각됐다.

기획재정부는 2021년 8월 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액은 법인세법상 손금산입 대상이라는 유권해석을 했고, 조세심판원은 같은 해 12월 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액은 손금에 산입된다고 결정했다

A법인은 이를 토대로 2022년 3월 재경정청구했으나 처분청은 같은 해 6월 동일한 내용으로 재경정청구할 수 없다는 이유로 각하했다. A법인은 이에 감사원에 심사청구를 제기했다.

감사원은 법정신고기한으로부터 5년 내라면 동일한 사유도 재경정청구가 가능하다고 봤다.

구 국세기본법 제45조의2 제1항은 법정신고기한 내에 신고의무를 이행한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있다고 되어 있고, 동일한 내용으로 재경정청구를 할수 없다는 취지의 규정을 두고 있지 않다는 점을 근거로 들었다.

감사원은 또한 자기주식교부형 주식매수선택권(스톡옵션) 행사시 시가와 행사가액의 차이는 손금산입해야 한다고 판단했다.

자기주식교부형 스톡옵션 행사시 법인은 이미 보유 중인 자기주식을 시가보다 낮은 가격으로 임직원에게 교부하게 된다. 이 과정에서 발생하는 시가와 행사가액의 차액은 결과적으로 법인의 순자산을 감소시키는 거래에 해당한다는 것이다.

구 법인세법 제19조 제1항은 손금을 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생한 손실 또는 비용의 금액으로 규정하고 있다. 감사원은 스톡옵션 행사가격이 이같은 손금의 정의에 부합하므로 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 보았다.