감사원이 시(市)내 주거지역에 편입된 자경·대토농지에 대해서는 편입된 날로부터 3년이내 양도할 경우에만 양도소득세를 감면해야 한다는 요지의 감사결과 보고서를 발표했다.

현행 조특법시행령 제66조 제4항 및 제67조 제7항 규정에 따르면, 특별시·광역시·시 지역에 있는 자경·대토농지가 국토계획법에 따라 주거지역으로 편입된 경우 편입된 날로부터 3년이내 양도될 경우에만 양도세를 감면토록 하고 있다.

다만, 주거지역내에 편입된 농지라도  대규모 사업개발로 인해 국토계획법에 따라 단계적 사업시행이나 보상 지연으로 말미암아 3년이 지나 양도하더라도 양도소득세를 예외적으로 감면토록 하고 있다.

다시 해석하면, 자경·대토농지가 시내 거주지역으로 최초 편입된 날로부터 3년이내 양도될 경우에만 양도소득세를 감면하되, 국토계획법에 따른 개발사업상 보상이 지연되거나 단계적으로 사업이 진행된데 따른 양도절차가 늦어져 3년을 넘겨 양도되더라도 예외적으로 양도세를 감면하고 있다.

문제는 예외적으로 인정하고 있는 단계적 사업시행 또는 보상지연을 확대 해설할 여지가 너무 크다는 것으로, 실제로 OO지구에서 시행된 대규모개발사업지구에선 이미 주거지역내에 편입된 이후 재차 사업지구개발에 따라 자경·대토농지에 대한 양도가 3년 이후에 이뤄졌으나 관할지 세무서에선 24억여원에 달하는 양도세를 감면해줬다.

당시 관할지 세무서가 감면근거로 내세운 것은 기획재정부가 99년과 2011년에 답한 회신내용.

기획재정부는 당시 회신내용에서 주거지역 등에 편입된 후 3년이내에 대규모 개발사업의 시행에 따라 주거지역 등에 다시 편입된 경우 최초 편입된 날부터 3년이 지난서 양도되더라도 양도소득세 감면이 적용된다고 밝혔다.

그러나 기재부와 함께 과세관청을 귀속하는 조세심판원은 달리 해석했다.

조세심판원은 09년 10월 심판결정(2009부2866)에서 ‘당초 국토계획법에 따라 주거지역으로 편입된 후 3년이 경과해 양도된 자경농지의 경우 당초 편입일로부터 3년내에 대규모 개발사업이 시행되더라도 개발사업 시행 이전에 이미 주거지역으로 편입됐으므로 양도세 감면대상이라고 할 수 없다’고 결정했다.

결국, 자경·대토농지에 대한 양도소득세 감면여부를 둘러싸고 기획재정부와 조세심판원, 국세청의 해석이 제각각인 셈이다.

감사원은 이와관련, “국토계획법은 주거지역 등에 편입되지 않는 자경농지가 대규모 개발사업의 시행으로 인해 주거지역 등에 편입된 경우에 한하여, 그 편입된 날로부터 3년이 지난 양도하더라도 양도소득세를 감면토록 되어 있다”고 관련법령을 예시했다.

이어 “이미 주거지역 등에 편입된 자경농지가 대규모 개발사업의 시행으로 다시 주거지역 등에 편입되었다 하더라도, 당초 국토계획법에 따라 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 경과해 양도했다면 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보인다”고 법령을 해석했다.

조세심판원과 동일하게 법령을 해석한 셈으로, 이중감면 문제 및 감면의 예외성 등을 감안한 것으로 풀이된다.

한편, 감사원은 기획재정부장관에게 주거지역 등에 편입된 후 3년 이내에 대규모 개발사업 시행지역으로 편입된 농지에 대한 양도세 감면 여부를 명확히 하는 방안을 강구토록 조치했다.