자녀 양육용 주택을 취득 후 실거주 사실이 확인된다면, 단순 행정절차상 세대원 동의 문제로 전입신고가 취하돼 3개월 내 기한을 넘겼다는 이유로 취득세를 추징한 것은 잘못이라는 심판결정이 내려졌다.

조세심판원이 6일 공개한 2025년 4분기 주요 심판결정에 따르면, 청구인 A씨는 2024년 11월6일 자녀와 거주할 목적으로 인천광역시 미추홀구 소재 주택을 취득해 바로 이사하고 출산일부터 5년 이내에 취득하는 주택으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

A씨는 같은해 12월10일 정부24를 통해 주민등록 전입신고했다. 문제는 배우자 B씨가 육아 등으로 전입신고일부터 7일 이내 세대원 동의를 하지 않아 민원처리규정에 따라 취하 처리되면서 불거졌다. A씨는 자녀의 어린이집 입소를 위한 서류를 준비하던 중 취하 사실을 알고, 2025년 4월17일 가족과 함께 전입신고를 완료했다.

그러나 과세관청은 A씨가 주택 취득일부터 3개월 이내에 전입신고하지 않았다며 추징사유가 발생한 것으로 보아 취득세를 부과·고지했다. 과세관청은 주민등록상 전입신고를 마치지 않았다면 상시거주했다고 할 수 없고 전입신고 행위 자체만으로는 전입신고 요건이 충족됐다고 보기는 어렵다며 과세처분의 정당성을 주장했다.

지방세특례제한법 제36조의5 제1항 및 제2항은 자녀를 출산한 부모가 자녀와 상시 거주(전입신고 및 실거주)할 목적으로 출산일부터 5년 이내 12억원 이하 1주택을 취득하는 경우 취득세를 최대 500만원 공제토록 규정하고 있다. 다만 정당한 사유 없이 취득일부터 3개월 이내에 자녀와 상시 거주를 시작하지 않으면 취득세를 추징한다.

A씨는 “바쁜 일상으로 인해 전입신고가 제대로 되지 않았다는 사실을 알지 못한 것일 뿐 전입신고를 하지 않기 위해 의도적으로 전입신고를 지연한 것이 아니다”며 조세심판원의 문을 두드렸다.

조세심판원은 A씨의 손을 들어줬다. A씨 자녀의 진료비 납입확인서, 배우자 B씨가 지인들과 나눈 휴대전화 문자메시지 등에 따라 2024년 12월 중순부터 계속 거주하고 있다고 판단했다.

특히 전입신고 취하는 배우자 B씨의 전산상 미동의에 따른 행정절차일 뿐, 전입 자체를 미동의한 것으로 볼 수 없으므로 전입신고 자체를 효력이 없다고 단정할 수 없다고 밝혔다.

따라서 “A씨가 주택을 취득한 날부터 3개월이 경과할 때까지 주택으로 주민등록을 전입하지 않았다는 이유로 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다”고 심판결정했다.